Enstitümüz, Bakanlık Makamının 19.6.2001 tarih ve MKD-BDR.2.06.2001 sayılı olurları gereğince Tarımsal Araştırmalar Genel Müdürlüğü’ne bağlı olmakla birlikte; Araştırma faaliyetleri dışındaki hizmetler yönüyle de Koruma ve Kontrol Genel Müdürlüğü‘ne hizmet vermektedir. Bu hizmetlerden biri de karantina faaliyetleridir. Bitki Sağlığı yönünden AB mevzuatlarına uyum çerçevesinde yürürlüğe giren 4 patates tebliğinden (Ralstonia solanacearum; Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus ; Synchytrium endobioticum ; Globodera pallida ve G. rostrochiensis) dolayı iç karantina analiz sayılarında çok büyük bir artış olmuştur.

• Enstitümüz karantina analizlerinin yanında, Bakanlığımıza karantina ile ilgili her türlü konuda danışmanlık hizmeti vermekte ve bizzat çalışmalarda aktif olarak görev almaktadır. Enstitümüzün yapmış olduğu bu hizmetler şöyle sıralanabilir:
• Karantina komisyonlarında yer almak,
• Türkiye'nin Avrupa Birliği Bitki Sağlığı mevzuatına uyumuyla ilgili tüm çalışmaları gerçekleştirmek (AB mevzuat ve tebliğlerini incelemek ve bunları kendi mevzuatımıza uyarlamak),
• Zirai Karantina hizmetlerinde kullanılan “Zirai Karantina Yönetmeliği” Avrupa Birliği’ne uyum çerçevesinde revize edilerek hazırlanmıştır.
• Karantina organizmaları ile ilgili zararlı risk analizi yapmak, diğer kurumların yapmış olduğu ZRA’ları değerlendirmek,
• Sertifikasyon amaçlı tarla ve depo kontrollerinde, ilgili kuruluşlara yardımcı olmak ve danışmanlık yapmak,
• Uygulama kuruluşlarında bitki koruma alanında çalışan teknik personele eğitim vermek,
• Uluslararası Bitki Koruma Konvensiyonunun (IPPC) hazırlamış olduğu standartları incelemek ve bunlarla ilgili ülke görüşlerini hazırlamak,
• Uluslararası bitki koruma organizasyonlarının (IPPC ve EPPO) çalışma gruplarında ve panellerinde görev almak,
• Karantina ile ilgili konularda uluslararası toplantı düzenlemek.

Ülkemizin de üyesi olduğu Avrupa ve Akdeniz Bitki Koruma Organizasyonun 2005 yılında “15th Meeting of the Panel on Plant Quarantine Information” ve 2006 yılında “36th Meeting of the Working Party on Plant Protection Products” adlı panel toplantıları Enstitümüzde yapılmıştır.

Bu amaçla 2005 yılında “15th Meeting of the Panel on Plant Quarantine Information ” adlı panel düzenlenmiştir. 
 

İkinci olarak 2006 yılında “36th Meeting of the Working Party on Plant Protection Products” adlı panel düzenlenmiştir. 
 

Bu toplantılar sonunda hem ülkemizin hem de kurumumuzun tanıtımı yapılmış ve toplantı bunlar EPPO’nun web sayfasında 3 ay boyunca yer almıştır.