Cumhuriyetimizin kuruluşunu izleyen yıllarda Atatürk’ün önderliğinde her alanda başlatılan hızlı gelişme ve yeniden yapılanma, Zirai Mücadele alanında da kendini göstermiş olup, Ankara Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü, o sırada Tarım Bakanlığının uzmanı olarak Türkiye'de bulunan Prof. Dr. G. GASSNER'in Müdürlüğünde Merkez Mücadele Enstitüsü adıyla 1934 yılında Ankara (Kalaba)'da Fitopatoloji bölümü halinde kurulmuştur. Prof .Dr. F. S. BODENHEİMER'in 1938' de yurda getirtilmesiyle Entomoloji Bölümü açılmış ve Alman fitopatolog Dr. Hans BREMER'in 1949 yılında Enstitü’ de göreve başlamasıyla hastalıklar üzerindeki çalışmalar daha da hız kazanmıştır. Araştırma master planı çerçevesinde 1998 yılında "Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü" ne dönüştürülmüştür.

   Enstitüde bitki ve bitkisel ürünlerde zarar yapan organizmaların (Böcek, akar, nematod, fungus, bakteri, virus, yabancı ot vd.) mücadelesine yönelik biyolojik, ekolojik ve epidemiyolojik araştırmalar ile tarım ilaçlarının kimyasal, fiziksel özellikleri, toksikolojisi ve kalıntı durumları ile tarımsal ekosistemlerdeki fauna ve floranın tespiti ve taksonomisi üzerinde ulusal ve uluslararası düzeyde projeler ile araştırmalar yapılmaktadır.